Thảm sát Túc Thanh

Khi quân Nhật chiếm được Singapore, các sĩ quan của quân đội Nhật Bản đã lo ngại về số người Hoa địa phương. Quân đội Đế quốc Nhật đã ý thức được rằng Hoa kiều rất trung thành với Anh hoặc Trung Quốc với việc những người Hoa giàu có đã cung cấp tài chính cho Tưởng Giới Thạch trong Chiến tranh Trung-Nhật lần thứ hai sau khi Nhật Bản xâm chiếm Trung Quốc tháng 7 năm 1937. Thẩm quyền quân sự dưới quyền chỉ huy của tướng Tomoyuki Yamashita đã quyết định một chính sách loại trừ những thành phần có đầu óc chống Nhật.

Ngay sau khi Singapore thất thủ, Trung tá Masayuki Oishi chỉ huy trưởng đơn vị hiến binh số hai chiếm dụng các văn phòng của dinh thự tòa án tối cao. Singapore bị chia ra thành những tiểu phân khu, mỗi phân khu được kiểm soát bởi một sĩ quan hiến binh. Người Nhật thiết lập các trung tâm thanh lọc cố định khắp các nơi trên thuộc địa. Mục đích là để thu thập và thanh lọc các nam nhân gốc Trung Quốc từ 18 đến 50 tuổi và loại trừ những ai mà họ cho là chống Nhật. Những ai vượt qua được thanh lọc sẽ nhận được một mẫu giấy có ghi "Đã thanh lọc" hoặc được đóng dấu mực vào tay và áo của họ. Những ai không qua được thanh lọc sẽ bị đóng dấu các hình tam giác. Có sẵn xe cam nhông gần các trung tâm thanh lọc để đưa những thành phần chống Nhật đến với thần chết. Quân đội Nhật chọn những địa điểm xa xôi như Changi, Punggol, Blakang Mati và Bedok để thực hiện việc hành quyết. Có những nạn nhân bị quăng ra khỏi boang tàu hoặc bị bắn chết bằng súng máy rơi xuống bến cảng.

Thảm sát Nam Kinh

Vụ Thảm sát Nam Kinh là tội ác chiến tranh ghê tởm nhất của quân Nhật trong Chiến tranh thế giới thứ hai. Quân Nhật đã tiến hành một cuộc thảm sát đẫm máu ở xung quanh và trong Nam Kinh, Trung Quốc vào ngày 13 tháng 12 năm 1937. Thời gian kéo dài của cuộc thảm sát thì không rõ lắm mặc dù sự tàn sát này đã kéo dài suốt đến 6 tuần sau đến đầu tháng 2 năm 1938. Quy mô của sự tàn ác đang được tranh cãi gay gắt từ tuyên bố của quân đội Nhật tại Tòa án quân sự quốc tế Viễn Đông rằng những người bị giết là quân nhân và rằng "không có sự tàn sát nào" cho đến con số của Trung Quốc tuyên bố là số nạn nhân dân sự lên đến 300.000 người. Phương Tây có xu hướng tin theo con số thống kê do phía Trung Quốc công bố với nhiều nguồn trích dẫn phương Tây đưa ra con số 300.000 nạn nhân. Điều này một phần là do sự thành công về mặt thương mại của cuốn sách Thảm sát Nam Kinh của Iris Chang, đã dựng lên vũ đài cho các cuộc tranh cãi về vấn đề này tại phương Tây; và tồn tại nhiều tư liệu ghi chép bằng ảnh chụp phong phú khác về những cơ thể bị cắt xẻo của phụ nữ và trẻ em.

Đơn vị 731

Đơn vị 731 là một đơn vị thí nghiệm y khoa của hoàng quân Nhật Bản hoạt động trong bóng tối tiến hành nghiên cứu chiến tranh sinh học qua thí nghiệm trên con người trong Chiến tranh Trung-Nhật lần thứ hai (1937-1945) và Chiến tranh thế giới thứ hai. Trá hình là một đơn vị làm tinh khiết nước uống, có bản doanh ở khu Bình Phòng thành phố đông bắc Cáp Nhĩ Tân, phần đất thuộc quốc gia bù nhìn Mãn Châu. Đơn vị 731 chính thức được biết đến với tên gọi bộ chính trị hiến binh và phòng nghiêm cứu ngăn ngừa dịch bệnh.

Hơn chục ngàn người cả dân sự lẫn quân sự gốc Trung Hoa, Triều Tiên, Mông Cổ, Liên Xô là đối tượng thí nghiệm của đơn vị 731. Một số tù binh chiến tranh phe Đồng Minh cũng chết về tay của đơn vị 731. Ngoài ra, cuộc nghiên cứu về vũ khí sinh học của đơn vị 731 gây hậu quả là cả chục ngàn người chết ở Trung Hoa – có thể lên đến 200.000 qua vài ước tính.

Đơn vị 731 là một trong nhiều đơn vị được sử dụng để nghiên cứu chiến tranh sinh học; các đơn vị khác như đơn vị 516 (Tề Tề Cáp Nhĩ), đơn vị 543 (Hải Lạp Nhĩ), Đơn vị 773 (Songo), Đơn vị 100 (Trường Xuân), Đơn vị 1644 (Nam Kinh), Đơn vị 1855 (Bắc Kinh), Đơn vị 8604 (Quảng Châu), Đơn vị 200 (Mãn Châu quốc) và Đơn vị 9420 (Singapore).

Nhiều nhà khoa học từng cộng tác với đơn vị 731 thăng tiến nhanh chóng nghiệp vụ trong chính trị, học tập và thương mại. Một số bị quân Xô Viết bắt được và bị truy tố tại các phiên xử tội ác chiến tranh Khabarovsk; Một số khác đầu hàng quân đội Mỹ và được ân xá để đổi lấy những tài liệu quan trọng.

Vì tính tàn bạo của nó, những hành động của đơn vị 731 được xem là tội ác chiến tranh.

Các tội ác khác

• Nạn đói năm Ất Dậu xảy ra tại miền Bắc Việt Nam trong khoảng từ tháng 10 năm 1944 đến tháng 5 năm 1945 làm khoảng từ 400.000 đến 2 triệu người dân chết đói.
  Bài chi tiết: Nạn đói năm Ất Dậu
• Phụ nữ giải khuây (ủy an phụ): ước tính có đến 200.000 phụ nữ bị bắt từ Triều Tiên, Trung Quốc, Philippines và các nước châu Á khác làm nô lệ tình dục cho quân đội Nhật trong Chiến tranh thế giới thứ hai.
  Bài chi tiết: Phụ nữ giải khuây
• Đường tử thần Bataan: là tội ác quân đội Nhật gây ra lúc quân Nhật chiếm được Bataan, Philippines và áp giải tù binh Mỹ và Philippines từ Bataan về trại O'Donnell. Tù binh bị áp giải đi bộ, bị ngược đãi, đánh đập và bị bỏ đói trên đoạn đường dài trên 100 km. Ước tính có từ 5.000-10.000 tù binh Philippines và từ 600-650 tù binh Mỹ chết trước khi đến được trại O'Donnell.
  Bài chi tiết: Cuộc hành quân chết chóc Bataan